Le contrat d'alternance obéit à des règles propres, notamment en matière de rupture, où il s'écarte nettement du droit commun du contrat à durée déterminée.
Le contrat d'apprentissage se conclut sur un formulaire type, signé par l'employeur, l'apprenti et son représentant légal s'il est mineur, puis transmis à l'opérateur de compétences qui le dépose. Une convention de formation lie l'entreprise et le centre. Le contrat doit être signé au plus tard 3 mois après le début du cycle de formation.
Pour l'apprentissage, elle correspond aux 45 premiers jours, consécutifs ou non, de présence effective en entreprise. Pendant cette période, chaque partie peut rompre librement, sans motif ni indemnité. Ce décompte en jours de présence, et non en jours calendaires, allonge sensiblement la période réelle quand l'alternance comporte de longues périodes en centre.
Passé ce délai, la rupture n'est possible que par accord écrit des deux parties, par démission de l'apprenti après saisine du médiateur, ou par licenciement pour faute grave, force majeure, inaptitude ou exclusion définitive du centre de formation. La rupture unilatérale par l'employeur hors de ces cas ouvre droit à des dommages et intérêts.
Les chambres consulaires désignent des médiateurs de l'apprentissage, gratuits, saisissables par l'apprenti comme par l'employeur. La saisine est un préalable obligatoire à la démission de l'apprenti, et le délai de 5 jours qu'elle impose permet souvent de dénouer des situations qui n'appelaient pas une rupture.
L'apprenti dispose de 6 mois pour retrouver une entreprise, période pendant laquelle le centre de formation doit le maintenir dans ses effectifs et lui proposer un accompagnement. Cette disposition, introduite en 2018, évite qu'une rupture entraîne mécaniquement l'abandon de la formation.